Neonatologická klinika garantuje pregraduálnu výučbu pre študentov všeobecného lekárstva JLF UK v jazyku slovenskom a anglickom v predmetoch Neonatologická propedeutika, Neonatológia a podieľa sa významne na výučbe predmetov Pediatrická propedeutika, Pediatria I,II,III, ako aj pre nelekárske študijné programy Pôrodná asistencia a Ošetrovateľstvo. Výučba sa realizuje prostredníctvom prednášok a praktických cvičení počas semestra. Pracovisko sa podieľa aj na priebežnom skúšaní a záverečných štátnych skúškach. Klinika je akreditovaná pre vykonávanie špecializačného vzdelávania a skúšok v odbore neonatológia pre lekárov – budúcich neonatológov a pre vykonávanie špecializačného vzdelávania a skúšok pre sestry v odbore Intenzívna ošetrovateľská starostlivosť v neonatológii.
V rámci postgraduálneho štúdia je na klinike poskytované vzdelávanie aj doktorandom podieľajúcim sa na vedecko-výskumnej aj liečebno-preventívnej činnosti. Viacerí absolventi zostali na klinike pracovať.