Vedecko-výskumná činnosť Kliniky detí a dorastu JLF UK a UNM je dlhodobo orientovaná na štúdium patologických stavov imunitného systému detí (alergie, imunodeficientných stavov, autoimunity), v respirológií a v oblasti neurovegetatívnej regulácie
Štúdium alergických stavov v pediatrii sa dotýka poznávania patomechanizmov „atopického pochodu“ od genetickej predispozície atopie po vznik choroby – potravinovej alergie, atopického ekzému, prieduškovej astmy. Výskumné zameranie je orientované na problematiku výživy a probiotík v prvých týždňoch života najmä v súvislosti s gastroezo-fagovým refluxom (prof. MUDr. P. Bánovčin, CSc., doc. MUDr. Ľ. Jakušová, PhD., MUDr. Ján Mikler, PhD.) a nové metódy diagnostiky potravinovej alergie detí (doc. MUDr. M. Jeseňák, PhD, MPH; MUDr. Z. Havličeková, PhD., MUDr. R.Szépeová,PhD. ). Problematika je súčasťou zmluvnej spolupráce s 1.Detskou klinikou Univ. La Sapienza v Ríme.
Geneticky podmienené zmeny funkcie imunitného systému sú doprevádzané prejavmi imunodeficiencie, ak táto v klinickom obraze génových polymorfizmov nedominuje. Štúdium patomechanizmov, diagnostiky a optimalizácie liečby primárnych imunodeficitných stavov považujeme za významný prvok vo výskume imunopatológie dieťaťa (doc. MUDr. M. Jeseňák, PhD., MBA., prof. MUDr. P. Bánovčin, CSc.). V roku 2012 bolo pri KDaD zriadené Ministerstvom zdravotníctva Centrum pre diagnostiku a liečbu primárnych imunodeficientných stavov včítane Centra pre hereditárny angioedém, Centra pre očkovanie rizikových detí a dorastu a Centra pre liečbu ťažkých a refraktérnych alergických ochcorení.
Od skúmania prvých príznakov rozvíjajúcej sa autoimunitnej choroby dieťaťa a genetickú analýzu polymorfizmu génov až po predpokladané komplikácie základnej choroby je pozornosť centrovaná najmä na problematiku diabetes mellitus typ I, (doc. MUDr. M.Čiljaková, PhD., MUDr. P. Ďurdík, PhD., MUDr J.Vojtková, PhD.), Crohnovu chorobu a Celiakiu (MUDr. R. Szepeová, PhD., MUDr. Z. Havličeková, PhD. MUDr.Turčan, PhD.) Štúdium príčin vzniku a rozvoja neuropatie pri diabetes mellitus a celiakii je súčasťou riešenia patomechanizmov autoimunity. Juvenilná idiopatická artritída je ďalšou študovanou jednotkou z pohľadu autoimunitných ochorení detí (MUDr. Vojarová, PhD., prof. MUDr. A. Jurko, DrSc., MUDr. E. Hyrdelová)
Ďalšie dve významné oblasti výskumu kliniky sú z oblasti respirológie.
Štúdium porúch spánku detí (jediné pediatrické spánkové laboratórium v SR; MUDr. P. Ďurdík, PhD.; MUDr. A. Šujanská, MUDr. I. Bacmaňáková;) je súčasťou zmluvnej spolupráce s 1.Detskou klinikou Univ. La Sapienza v Ríme.
Výskum očisťovania dýchacích ciest so zameraním na sledovanie kinematiky cílií respiračného traktu (prof. MUDr. P. Bánovčin, CSc.; MUDr. P. Ďurdík, PhD.). Na vývoji novej techniky merania kinematiky cílií respiračného traktu spolupracujeme so Žilinskou univerzitou a aktivita je podporená projektom "Meranie kinetiky cílií respiračného traktu" spolufinancovaným zo zdrojov EÚ a Európskeho fondu regionálneho rozvoja. Problematika je predmetom zmluvnej spolupráce s Národným výskumným centrom detskej tuberkulózy a respiračných chorôb v Rabke (Poľsko).
Štúdium zmien neurovegetatívnej regulácie pri chronických ochoreniach detí je riešená v úzkej súvislosti s Ústavom fyziológie. Je zameraná na autonómnu dysfunkciu pri diabetes mellitus a obezite (doc. MUDr. M. Čiljaková, PhD., MUDr. P. Ďurdík, PhD., MUDr. J. Javorková, MUDr. T. Turčan, PhD., MUDr. J. Vojtková, PhD., PeaDr. O. Chromá, PhD.). K problematike asociovaným je štúdium etiopatogenézy predĺženého Q-T intervalu u detí (prof. A. Jurko, DrSc., MUDr. Jeseňáková, MUDr. A. Šparcová).
V rámci fakultných pracovísk je vedecko-výskumná činnosť kliniky prepojená na niektoré ďalšie pracoviská fakulty (Ústav lekárskej biochémie; Ústav farmakológie; Ústav fyziológie; Ústav patologickej fyziológie;) združené do centra excelencie „Centrum experimentálnej a klinickej respirológie“.