V septembri 2004 sa na neurochirurgickom pracovisku MFN pod vedením primára MUDr. Júliusa De Rigga uskutočnila operácia nestability chrbtice pomocou počítačovej navigácie. Pacient, u ktorého bol zákrok realizovaný Brainlab Vision systémom, trpel degeneratívnym poškodením chrbtice v driekovej oblasti.
V septembri 2004 začal operačný tím Ortopedicko-traumatologickej kliniky vedený primárom MUDr. Liborom Nečasom realizovať počítačom navigované endoprotézy kolenného kĺbu. Pracovisko bolo prvé na Slovensku, ktoré takúto operáciu vykonalo.
2006
V januári 2006 bola ukončená kompletná polročná rekonštrukcia Ústavu patologickej anatómie umiestnenom v 10. pavilóne MFN. Ústav vedený prof. MUDr. Lukášom Plankom, CSc., získal plne digitalizovanú učebňu pre študentov JLF UK a v rámci projektu „electronic learning“ začal s elektronickou výučbou medikov.
Zrealizovaná kompletná rekonštrukcia lôžkovej časti Urologickej kliniky. Práce v celkovej hodnote 320-tisíc slovenských korún trvali takmer pol roka a zahŕňali výmenu elektroinštalácie, podláh, prestavbu kanalizácie a sociálnych zariadení.