V marci 2002 získala oficiálny štatút Klinika detskej chirurgie, ktorá dovtedy pracovala ako samostatné oddelenie. Funkciou prvého prednostu tohto pracoviska bol poverený Doc. MUDr. Milan Dragula, PhD., mimoriadny profesor.
2003
V januári 2003 vzniklo samostatné Transplantačné centrumMartin špecializované na orgánové transplantácie obličiek. Pracovisko bolo samostatným oddelením 1. Internej kliniky a jeho prvou primárkou sa stala MUDr. Barbara Grandtnerová.
V júni 2003 bola v MFN zrealizovaná prvá intraarteriálna trombolýza mozgovej aneuryzmy na Slovensku. 7-hodinový zákrok viedol neurorádiológ MUDr. Kamil Zeleňák z Kliniky rádiodiagnostiky v spolupráci s neurochirurgom MUDr. Júliusom De Riggom.
2004
V januári 2004 boli za účasti ministra zdravotníctva Rudolfa Zajaca a predsedu vlády Mikuláša Dzurindu odovzdané do prevádzky tri špecializované diagnostické pracoviská Kliniky rádiodiagnostiky - magnetická rezoznancia, počítačová tomografia (CT) a angiografia. Pracoviská boli sieťovo prepojené a zjednotené kompexným systémom SYNGO s integroaným medicínskym zobrazovaním.
V auguste 2004 začalo Oddelenie invazívnej kardiológie pod vedením Doc. MUDr. Stanislava Funiaka realizovať angioplastiky srdcových ciev u ľudí trpiacich ischemickou chorobou srdca. Stalo sa štvrtým špecializovaným pracoviskom na Slovensku, kde liečia pacientov s akútnym infarktom myokardu miniinvazívnou metódou.
Uskutočnená prestavba štyroch klinických pracovísk MFN a JLF UK, na ktorú boli použité finančné prostriedky v celkovej výške 2 milióny korún. Projekty financovala Jesséniova lekárska fakulta UK v Martine. Zrealizovala sa rekonštrukcia Stomatologickej kliniky (pavilón č.2) vrátane vybudovania podkrovia (stážová miestnosť, inšpekčné miestnosti, šatne pre zamestnancov) a zateplenia fasády budovy. Kompletnou rekonštrukciou prešlo druhé poschodie 6.pavilónu a Gynekologicko-pôrodnícka klinika otvorila modernú pôrodnicu s prestavanou lôžkovou časťou, kde pribudli 2 nadštandardné apartmány. Zmodernizované boli aj operačné sály, kde okrem iného pribudla špeciálna vaňa na pôrody do vody. Deramtovenerologická klinika mala zrekonštruovanú lôžkovú časť v pavilóne č.1. V tomto období bola zároveň zmodernizovaná JIS na Ortopedicko-traumatologickej klinike v pavilóne č.3
